時は戦国。

郷田藩家当主、郷田松之信の一人娘菊姫が「冥王」にさらわれた事件で、傷つきながらも菊姫奪還に成功した東忍流忍者力丸と彩女。
しかし、脱出行の際、降り注ぐ落石の中と身を投じ、菊姫を助けた力丸は行方知れずとなってしまっていた。

その冥王の騒乱の後、郷田の国にはつかの間の平穏な時間が流れていた。
彩女は、騒乱後すぐに出立。不穏な影が差さぬよう郷田の周辺諸国を巡り歩いていた。

騒乱の絶えぬ周辺諸国を巡る道中、彩女は何者か達に襲撃を受けた集落を目の当たりにする。

そこは、忍の集落「葉隠れの里」。

瀕死の村人を助けようとする彩女だったが、『黒屋』という名前だけを口にし絶命する。
詳細な事情を把握できないまま、集落を後にしようとする彩女だったが、そこへ行く手を阻む一人の少女が現れる。

少女の名は「凛」。
修行から帰り着いた彼女を待っていたのは、焼き討ちされた故郷だった。

対峙する彩女と凛。
二人のくノ一の数奇な運命がここに幕を開ける…。