敵の気配を読み取り、敵との間合いを計る気配メーターに新機能が加わり、新しくなりました。忍殺ランプが搭載され、忍殺可能な一定の距離に入ると自動的に点灯し、プレイヤーに忍殺タイミングを知らせてくれます。

凛と彩女の二人の主人公は忍殺を決めるごとに巻物を取得し、これを経験値として蓄積してゆきます。一定の経験値を獲得すると、それぞれに「奥義」を修得することができます。よりリアルな忍術としての奥義が加わり、前作以上に本格忍者体験が可能になりました。